میکروبیوم (Microbiome) به معنای کلی و فراگیر زیست‌بوم ریزاندامگان (میکروارگانیسم‌ها)، همهٔ ژنها و تودهٔ سلول‌های ریزاندامگان با در نظر نگرفتن سرده و گونه‌ی آن‌ها، مستقر در یک بخش ویژه را گویند. میکروبیوم، رابطهٔ همزیستی با جانور میزبان دارند. این به این معنی است که این ریزاندامگان هم می‌توانند همسفره باشند، هم بیماری‌زا. مثلاً به تمامی باکتری‌ها، قارچها و دیگر انواع میکروب‌هایی که به‌طور بومی در پوست انسان زندگی می‌کنند، میکروبیوم پوست می‌گویند.

بزرگترین میکروبیوم بدن انسان، میکروبیوم دستگاه گوارش تحتانی و به‌طور خاص روده بزرگ می‌باشد. این اصطلاح گرچه بیشتر در پزشکی بکار رفته است، ولی در دیگر شاخه‌های علم میکروبیولوژی نیز معتبر است. مثلاً میکروبیوم خاک دشت مغان، یا میکروبیوم فاضلاب شهری اصفهان.